تشمل خدمات النظام مجموعة الخدمات الصحية التأمينية لكافة الأمراض التي تقدم للمؤمن عليهم داخل جمهورية مصر العربية، سواء كانت خدمات تشخيصية أو علاجية أو تأهيلية أو فحوصات طبية أو معملية، وللهيئة بناء على عرض اللجان المختصة بها إضافة خدمات أخرى إلى الخدمات المشار إليها، وذلك بمراعاة الحفاظ على التوازن المالي والاكتواري للنظام.